Pod dohledem terapeuta rodič s dítětem dojde až k rampě a na rampu, ze které si terapeut dítě napolohuje na koně. Poloh, při kterých může hipoterapie probíhat je několik – v sedě ve směru jízdy, v sedě proti směru jízdy, klek, leh na břiše, leh na břiše s oporou o lokty, ruce, atd. Velmi často je k zajištění nebo podpoření dané polohy využíváno pomůcek jako jsou madla, míč, různé válce, polštáře atd. Pokud je to potřeba, požádá terapeut rodiče o pomoc při jištění dítěte na koni. Dítě je celou terapii pod přímým dohledem terapeuta, je jištěno pro případ nepřiměřené reakce koně. Polohy na koni se mohou během terapie měnit. Terapie opět skončí u rampy, kde si rodič dítě převezme.

Část terapeutické lekce je věnováno i kontaktu s koněm, většinou po dítěti požadujeme, aby se s koněm přivítal, aby ho pohladil před začátkem nebo po konci terapie. Krmení koní je možné vždy po souhlasu vodiče koně.

Koně jsou zvířata, do hlavy jim nikdo nevidí. Leckterou situaci vyhodnotí jinak než by člověk čekal, samozřejmě hipoterapie se provádí na koních k tomu připravených a vycvičených, přesto se koně mohou leknout, a protože první možnost, kterou kůň v případě ohrožení volí, je útěk, pravděpodobně se o něj pokusí, proto je celou dobu terapie řízen vodičem, který se snaží tyto situace eliminovat a případně aktuálně řešit a terapeut dítě jistí tak, aby kdykoli během terapie mohl dítě z koně sundat a zajistit tak jeho bezpečnou polohu. Jako další „pojistku“ pro zajištění bezpečnosti při hipoterapii děti nosí helmu. Pro velmi malé děti nebo děti s horší kvalitou držení hlavy může být helma na překážku, potom může terapeut rozhodnout pro prospěch terapie bez helmy.